Environmental DNA for Aquatic Biodiversity Monitoring
Hoe kun je de biodiversiteit van wateren monitoren zonder elke vis te hoeven vangen? In de minor Environmental DNA for Aquatic Biodiversity Monitoring ontdek je hoe je met DNA uit het milieu (eDNA) inzicht krijgt in de aanwezigheid van vissoorten in Friese beken. Je werkt met echte watermonsters, waarin je DNA van organismen uit het milieu isoleert en analyseert. Zo leer je biodiversiteit in kaart brengen met behulp van moderne moleculaire en data-analysetechnieken. Deze minor combineert veldwerk, laboratoriumwerk en data-analyse en sluit aan bij actuele vraagstukken rondom biodiversiteitsmonitoring en waterbeheer.
Inhoud van de minor
Praktijkgericht eDNA-project in samenwerking met het werkveld
Het hart van de minor is een 12 EC project in samenwerking met Waterschap Fryslân. Je onderzoekt de biodiversiteit van Friese beken door middel van environmental DNA (eDNA). Met watermonsters uit verschillende locaties breng je in kaart welke vissoorten aanwezig zijn op basis van DNA dat zij in het water achterlaten. Dit maakt het mogelijk om op een niet-invasieve manier inzicht te krijgen in aquatische biodiversiteit en ecosystemen.
Van veldwerk tot sequencing en data-analyse
Je doorloopt het volledige onderzoekstraject: van het nemen van watermonsters in het veld tot laboratoriumtechnieken zoals DNA-isolatie, PCR, library preparation en sequencing. Vervolgens analyseer je de verkregen sequencingdata met behulp van Bash op een rekencluster. Hiermee verbind je moleculaire technieken met moderne data-analyse en leer je werken met grote, realistische datasets.
Opzet van de minor
De minor heeft een praktijkgerichte opzet waarin het project Environmental DNA for Aquatic Biodiversity Monitoring centraal staat. Dit project beslaat 12 van de 15 EC en wordt uitgevoerd in samenwerking met Waterschap Fryslân. Tijdens de minor werk je aan het in kaart brengen van de biodiversiteit aan vissen in Friese beken op basis van environmental DNA (eDNA). Hierbij wordt DNA dat organismen in hun omgeving achterlaten gebruikt om te bepalen welke soorten aanwezig zijn op verschillende locaties.
Het project start in het veld, waar je watermonsters gaat verzamelen. Vervolgens worden deze monsters in het laboratorium geanalyseerd met technieken zoals DNA-isolatie, PCR, library preparation en sequencing. De gegenereerde sequencingdata vormt de basis voor verdere data-analyse.
In het tweede deel van het project richt je je op de verwerking en analyse van de sequencingdata. Hiervoor wordt gewerkt met Bash op een rekencluster, vergelijkbaar met de infrastructuur die ook in onderzoeksinstellingen en het werkveld wordt gebruikt. Je leert hierbij omgaan met complexe data en het uitvoeren van reproduceerbare analyses.
Naast het project volg je onderwijs in Data Stewardship. In dit onderdeel ligt de nadruk op het verantwoord opslaan, beheren en documenteren van onderzoeksdata. Dit is essentieel bij het werken met grootschalige sequencingdatasets en sluit aan bij actuele ontwikkelingen rondom open science en datakwaliteit.
Studiekenmerken
De minor is met name geschikt voor studenten met een sterke interesse in moleculaire biologie en biodiversiteit. Enige ervaring in een moleculair biologisch laboratorium is nodig, omdat je werkt met technieken zoals DNA-isolatie, PCR en sequencing. Opleidingen die goed aansluiten zijn onder andere Biotechnologie, Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Bio-informatica, Kust- en Zeemanagement, Applied Science, Diermanagement, Forensisch Laboratoriumonderzoek, Milieukunde en Toegepaste Biologie. Ook studenten uit andere opleidingen met een duidelijke biologische component en relevante laboratoriumervaring zijn van harte welkom.
